Olá, Jessica, bom dia.
Nesses casos em que as guias foram pagas e o valor ainda não aparece como pago oriento a tirar um extrato de guias não individualizadas direto pelo site do conectividade social entrando com o certificado digital da empresa, ou indo direto ao banco da caixa econômica e solicitar esse extrato (tem que ser o sócio da empresa para solicitar isso), após isso caso essas guias estejam mesmo não individualizadas deve enviar novamente a pelo programa do FGTS (SEFIP / GFIP) com a categoria não individualizadas, esse reenvio de declaração deve ser como um espelho da primeira declaração.
Espero ter ajudado.